החלוקה הראשונית ביותר היא לפי סדר פרשות השבוע שבתורה. כך מסודרים ספרי המדרשים וספר הזוהר. בשיטה הזאת הדיון על ההלכה (מצוות) משויך לפרשה בה המצווה מופיעה. סדר זה לא מטיב עם לומד ההלכה.

רבי יהודה הנשיא שערך את המשנה חילק אותו לשישה סדרים (ש"ס) לפי נושאים, כאשר כל "סדר" בתורו חולק ל"מסכתות". התלמוד הולך בעקבות המשנה, ומאמץ את סדר הש"ס: הן בבבלי והן בירושלמי המסכתות מקבילות לאלה של המשנה. חשוב לציין שסדר הנושאים במשנה ובתלמוד איננו מוחלט: לחכמים הייתה נטייה לעבור מנושא לנושא בצורה "אסוציאטיבית", לכן יש הרבה דיונים שלכאורה לא במקומם לפי נושא המסכת.

ואז בא הרמב"ם עם חיבורו שנודע "משנה תורה". מכתביו אנו יודעים שהוא ראה את עצמו כממשיך את מפעל המשנה. הוא התחבט האם לאמץ את סדר הש"ס של המשנה, אך בסוף החליט במודע שעדיף לשנות. הוא ארגן את ההלכות לתוך 14 ספרים שמחולקים לנושאים ופרקים.

את הסדר המשמעותי האחרון בנה רבי יעקב בן אשר, בנו של הרא"ש. הוא כתב חיבור הלכתי בשם "ארבעה טורים", כאשר החידוש הגדול בו היה בחלוקה מחדש של החומר לפי ארבעה טורים . השיטה של הטורים אומצה ע"י רבי יוסף קארו ב"שולחן ערוך". כך יצא שרבי יעקב בן אשר השפיע יותר על סדר כתיבת ההלכות מאשר על תוכנן (והוא מכונה "בעל הטור" או לעיתים "הטור").