בדיון על מושג "מדינת הלכה", רבים חושבים שעמדת היהדות היא שהמדינה צריכה להיות מנוהלת על ידי פסקה ההלכה של הרבנים. הדבר רחוק מן האמת. למעשה, ביהדות קיימת הפרדת רשויות, אם כי שונה מזו שהגה מונטסקייה (Montesquieu), אבי הרעיון. הדרך המקובלת לבטא זאת היום היא משכ"ן – ראשי התיבות של מלך, שופט, כהן, נביא. הכוונה היא שיש 4 תחומי שלטון: מלך עוסק בחוקים המסדירים את ענייני המדינה, שופט (סנהדרין) – הכוונה לדין תורה שנעשה בבתי הדין לפי חוקי ההלכה, הכוהנים משרתים בקודש, ובתקופת הנבואה גם לנביא הייתה סמכות (מקובל לחשוב שנביא רשאי להוציא מעין "הוראת שעה", אך לא לפסוק הלכות).
אמנם יש אזכור להפרדת הסמכויות הזאת כבר במשנה והתלמוד (כגון המגבלות שחלות על מלך), אך הניסוח השיטתי של הפרדת הרשויות היהודית מופיע אצל הר"ן, רבי ניסים גירונדי שפעל בספרד במאה ה-14. בדרשה י"א הוא מסביר שכל אומה צריכה שלטון מדיני על מנת למנוע אנרכיה ולהשליט סדר, ולכן המדינה מעמידה שופטים מטעמה. כך גם עם ישראל, גם הוא זקוק למשפט המדיני! ההבדל ביננו לבין הגויים הוא בכך שיש לנו עוד קומה: משפט האמת והצדק. מטרת דין התורה הוא לבטא את עקרון הצדק האלוהי המוחלט.
אבל האם אנו יכולים להסתפק בדין תורה בלבד? לפי הר"ן, התשובה היא שלילית. כדוגמא, הר"ן מזכיר שלפי ההלכה של דיני נפשות, נדרשים שני עדים והתראה על מנת להרשיע. אך זה לא מספק על מנת לעשות צדק: "אבל אם לא ייענש העובר כי אם על זה הדרך, יפסד הסידור המדיני לגמרי, שיתרבו שופכי דמים ולא יגורו מן העונש, ולכן ציווה השם יתברך לצורך ישובו של עולם במינוי המלך…" הר"ן מכיר בכך שההלכה לכאורה מוגבלת, ואם ניצמד רק אליה – הצדק לא ייעשה. מכאן שיש הכרח להשלימה במערכת משפט מדינית. לשיטתו, לא מדובר בפגם בדין תורה, אלא להיפך: דווקא עצם היותו שייך לאמת המוחלטת – דורש שתתקיים מערכת משפט נוספת שתתאים את עצמה לצרכי השעה ופגמי החברה.
לכן יישום העקרונות האמוניים לא מוביל בהכרח לתיאוקרטיה, אלא להפרדת רשויות שבה דין תורה איננו שולט בכל הסמכויות והנורמות.
