אז מתברר שהביטוי סלע המחלוקת קשור במקורו לשאלה אקטואלית עד מאוד: האם על מנהיג להעדיף את טובת המדינה על פני טובת המפלגה או הסיעה? הסיפור מתואר בשמואל א בסוף פרק כג. שאול המלך רודף במדבר יהודה אחרי דוד ואנשיו. הצבא של שאול קרוב מאוד לתפוס את דוד. אך בדיוק אז (פסוק כז): "וּמַלְאָךְ בָּא אֶל שָׁאוּל לֵאמֹר מַהֲרָה וְלֵכָה כִּי פָשְׁטוּ פְלִשְׁתִּים עַל הָאָרֶץ.".

מה שאול אמור לעשות בתור מלך? האם להמשיך לרדוף אחרי דוד אויבו, או לנטוש את המרדף ולהתארגן עם צבאו למלחמה נגד האויב החיצוני (פלישתים)? הבחירה של שאול מופיעה בפסוק הבא (כח): "וַיָּשָׁב שָׁאוּל מִרְדֹף אַחֲרֵי דָוִד וַיֵּלֶךְ לִקְרַאת פְּלִשְׁתִּים עַל כֵּן קָרְאוּ לַמָּקוֹם הַהוּא סֶלַע הַמַּחְלְקוֹת". שאול מעדיף את טובת הגנת המדינה ועוזב את המרדף אחרי דוד! וזה קרה במקום שנקרא "סלע המחלוקת".

אפשר לתת פירוש ל"מחלוקת" בפשטות בתור סלע שחלק (הפריד) בין מחנה שאול למחנה דוד. אך רש"י בפירושו לפסוק מביא כיוון עמוק יותר :"שהיה לבו של שאול חלוק לשתי דעות אם לשוב להציל את ארצו מיד פלישתים או לרדוף ולתפוש את דוד". המחלוקת שמדובר בה הייתה למעשה בתוך ליבו של שאול: באיזו דרך לבחור.