יש הרבה ערפל היסטורי מסביב למנהג ההפטרה – הקריאה בנביא לאחר קריאת בתורה. אפילו על פירוש המושג "הפטרה" אין הסכמה. איננו יודעים בוודאות מתי החל המנהג, וכן איך ולמה הוא נולד. ידוע שעזרא הסופר התקין תקנות של קריאה בתורה, אך אין אזכור לקריאה בנביא שם. במשנה יש התייחסות לקטעים בנביא שאסור לקרוא כהפטרה, ועקב כך בתלמוד יש איזכור של קריאה בנביא בפני רבי אליעזר – אך אין בחז"ל דיון הלכתי מסביב להפטרה. רק בתקופת הגאונים המאוחרת יותר אנו מוצאים התייחסות לקריאה בנביא כמנהג קבוע. "סיפור מההפטרה" ממש!
ומה בכל זאת ניתן לומר? יש מסורת שמקשרת את מנהג ההפטרה לגזירות היוונים: בזמן אנטיוכוס הרשע נאסר על יהודים לקרוא בתורה, ואז היהודים החלו לקרוא בנביא כתחליף. אם נקבל את זה, יוצא שמנהג ההפטרה החל בערך בזמן מרד המכבים. אך יש רבנים וחוקרים שמטילים ספק בכך: הרי קשה מאוד לקבל שגזירות היוונים הבחינו אבחנה דקה בין התורה (חומש) לספרי הנביאים הגיוני להניח שהקריאה בנביאים לא נאסרה? יש גישה שרואה בקביעת המנהג מטרה של חיזוק בקשר בין התורה לנביאים, בניגוד שכתות כגון השומרונים שראו את התורה במנותק משאר התנ"ך. כך או כך, יש הרבה תיאוריות, וקשה לדעת מי צודק. ניתן למצוא כאן סקירה רחבה.
מה בדיוק קוראים? המנהג הוא לקרוא מספרי הנביאים דווקא, ולא ב"כתובים" שבתנ"ך. היום קיימת חלוקה של קטעי ההפטרה לפי פרשות השבוע, ויש הבדלים מסוימים בין עדות ומנהגים. בעקרון מנסים להצמיד לכל פרשת שבוע קטע בנביא שמתחבר לתוכן הפרשה. למשל, לפרשת "נוח" בספר בראשית צמוד קטע בישעיהו שמזכיר את נוח ואת הבטחת האל לא לחזור על המבול. ויש עוד הרבה דוגמאות.