בימינו קיימת תפיסה – במיוחד אצל משכילים דתיים – שהדת והמדע הם עולמות נפרדים. או כפי שניסח זאת הרב קוק בכבודו ובעצמו (שמונה קבצים, ב ק"א): "אם יתפאר המדע החדש שהשתחרר מהתיאולוגיה, צריך הוא לדעת, שלעומת זה נשתחררה התיאולוגיה מהמדע, שאסרה בכבלים אנושיים". בפשטות, הרב קוק לא שולל את המדע, אך מבחינתו הכיוון של המדע להתקדם בלי לעסוק בענייני הדת הוא דבר חיובי.
על איזו "השתחררות" מדבר הרב קוק? בעולם העתיק לא הייתה הפרדה בין תחומי הידע, והמלומדים הגדולים עסקו בפילוסופיה, דת, מדעי החברה והטבע במקביל. זה נמשך גם בימי הביניים. אפילו אייזיק ניוטון (שחי במאות ה 17-18) המפורסם בתרומתו לפיזיקה – עסק גם בתיאולוגיה, מתימטיקה, אלכימיה ועוד. אך עם הזמן המדע השתנה: הוא התרכז בדברים שניתן למדוד ולהוכיח. כך הוא התקדם הרבה יותר מהר והגיע להישגים מרשימים. אך היה לכך גם מחיר. המדע נטש את העיסוק בתיאולוגיה ואמונה. נוצרו בו התמחויות רבות, ומדען בודד ככלל היה מסוגל לעסוק רק בתחום מסוים, ללא יכולת לקשור את הידע שלו לעולמות אחרים.
את הקו הזה ניתן לראות גם במחשבה היהודית. רב סעדיה גאון (שחי במאות ה 9-10) טען ב"ספר האמונות והדעות" שבאופן עקרוני ניתן להגיע למסקנות האמוניות הנכונות בכוח השכל. אמנם יש יתרון להתגלות הנבואית ולמסורת הדתית, כי הדרך השכלית הנה ארוכה ולא נגישה לכל אחד – אך באופן עקרוני השכל מסוגל להוכיח אמיתות. הרמב"ם ב"מורה הנבוכים" (המאה ה-12) הלך בעקבות המדע העתיק של אריסטו. רמב"ם טען שם שניתן להוכיח באופן לוגי את קיום האל. אך הוא שם סייג: לשיטתו, אין דרך להכריע האם העולם נברא יש מאין, או שהוא קדמון (כלומר, היה תמיד): כאן אנו מגיעים לאמת רק לפי מסורת הנבואה שבידינו.
עד שמגיעים לרב קוק… אגב, לפי המאמר של הרב אורי שרקי בנושא, העמדה של הרב קוק מורכבת. מוזמנים לקרוא. יש העוסקים ברצינות בקשר בין אמונה למדע גם בימינו. הרב ד"ר מיכאל אברהם פועל רבות בתחום וכותב ספרים ומאמרים, מוזמנים לעיין בבלוג שלו.