חג השבועות הוא חג מתן תורה, אז מה יותר נכון מאשר ללמוד תורה בחברותא בליל החג? אך מתברר שזה מנהג חדש יחסית. תחילתו רק מהמאה ה 13, ומקורו בספר הזוהר הקבלי שהתפרסם באותה התקופה. בראשית המנהג לא היה לימוד חופשי כלל: המקובלים נשארו ערים כל ליל החג וקראו טקסטים (מתנ"ך, מתורה שבעל פה ומתורת הסוד) בסדר מוגדר וקבוע. כאן אפשר למצוא את סדר הטקסטים כפי שסודר ע"י גדול בעלי תורת הסוד האר"י מצפת. בין השאר המנהג כלל קריאה של שלושה פסוקים ראשונים ושלושה אחרונים מכל פרשיות התורה, כדי לנסות ולהקיף את התורה כולה.

מחבורת המקובלים הללו המנהג התפשט לרבות מקהילות ישראל. רק שאת מקום סדר הקריאה הקבוע תפסה השיטה בה קובעים שיעורי תורה בנושאים שונים למשך כל הלילה, כך שהלימוד הפך ליותר עיוני. המתמידים נשארים ערים עד לבוקר ומתפללים את תפילת השחרית.