כן. הקבלה (תורת הסוד) היא חלק בלתי נפרד מהיהדות. יש לנו מעט מידע על התפתחות תורת הנסתר, בהשוואה לתורת הנגלה. אך סביר שהקבלה כפי שמוכרת לנו היום התפתחה במהלך הדורות מאותם המקורות הקדומים. אמנם במחקר נשאר משהו מהגישה שרואה את הקבלה כהשפעה שבאה מחוץ ליהדות, אך מנגד מתחזקת התפיסה שרואה את החיבור של תורת הסוד עם שאר הענפים של תורתנו. בהתחשב בשמרנות הטבעית של המחשבה הרבנית, מאוד קשה לדמיין שההשפעה מבחוץ תיקלט בעוצמה כה רבה, ותיכנס אל תוך הזרם המרכזי של היצירה והמחשבה היהודית.
יחד עם זאת, בתוך המסורת התנהל (ועדיין מתנהל) ויכוח עז על המקום של תורת הנסתר בתוך המבנה הכולל של אמונתנו. סביב חלק מתפיסות הקבלה (כגון אמונת הגלגול) הייתה מחלוקת עזה במהלך הדורות. הרמב"ם אמנם לא תקף את הקבלה בכתביו באופן ישיר, אך תפיסותיו היו שונות במהות מאלה של המקובלים. מנהיג הדַּרְדְּעִים בתימן הרב יחיא קאפח התנגד לקבלה ולספר הזוהר. לא מעט ספרים נכתבו בידי הרבנים בעד ונגד הקבלה. ביהדות האורתודוקסית אין היום זרמים שמתנגדים לקבלה באופן גורף, אך יש גישות שונות לעניין מקומו של הנסתר, הן בתפיסת העולם הכללית והן בהלכה למעשה.
אגב, נהוג לראות ניגוד בין דמות המקובל ולזו של הפילוסוף והמדען. זה נכון רק חלקית, והיו רבנים שהצליחו לשלב בין השניים. הרב משה חיים לוצאטו (הרמח"ל) שחי באירופה במאה ה-18 היה מקובל דגול, אך הוא היה גם משכיל במדעים וחיבר ספרי חול ומחזות. הרב אליהו בן אמוזג שפעל באיטליה במאה ה-19 היה איש משכיל ופילוסוף שחקר בין השאר יחס בין ישראל לאומות, אך גם מקובל שכתב ספר בשם טעם לש"ד בו הגן על האוטנטיות של תפיסות הקבלה.