האמת היא שאנו לא יודעים את המקור המדויק של המנהג לאכול מאכלי חלב בשבועות, ואין לנו עדות כתובה למסורת הזו לפני המאה ה 13. כמו במקרים רבים ביהדות: כשאין הסבר טוב אחד, יש הרבה הסברים. רובם מתקשרים לכך ששבועות הוא חג מתן תורה.
יש המפרשים את הפסוק משיר השירים "חלב ודבש תחת לשונך" כרמז לתורה. בנוסף, ערך הגימטרייה של "חלב" הוא 40, זהה למספר הימים משה רבינו שהה על הר סיני על מנת לקבל את תורה. יש אומרים שכשבני ישראל קיבלו את התורה ובפרט את הלכות השחיטה, הם לא היו יכולים לאכול בשר מיד, עד ששחטו את הבהמות כהלכה – לכן אכלו חלבי. מכיוון אחר, יש המחברים את מאכלי החלב למהות החקלאית של החג.
כך או כך, נראה שמדובר במנהג מאוחר יחסית, שאגב לא פשט בכל העדות. יש הנוהגים לקיים סעודה בשרית בחג הזה בנוסף לסעודה החלבית, בהתאם לאמירה בתלמוד: "אין שמחה אלא בבשר". אם כי בימינו השתנו מושגי האוכל, וגם מאכלים ללא בשר יכולים להיחשב למשובחים.
