יש כ-1000 מקומות בתנ"ך בהם המסורות של כתיבת הטקסט ושל קריאתו הן שונות: נהוג לקרוא פסוקים בצורה שונה מהטקסט הכתוב. התופעה הזאת נקראת "קרי וכתיב". איך מתמודדים עם זה? בספרי התורה הנכתבים על הקלף יש רק אותיות של "כתיב" (מסורת הכתיבה). בתנ"ך המודפס מקובל להביא את שתי הצורות, אך אין "סטנדרט" וכל מהדורה ושיטתה: גרסת הקריאה מופיעה בשוליים או בסוגריים בתוך הטקסט.

איך נוצרה התופעה? האמת שאין על כך הסכמה בין הרבנים (וגם החוקרים). היו רבנים שהסבירו שמקור ההבדלים בקיום של מסורות שונות, וחכמי המסורה שערכו את התנ"ך רצו לשמר שתי מסורות שונות ולא להכריע ביניהן. היו רבנים שלא הסכימו לגישה הזו, וטענו הבדלי קרי וכתיב הוכנסו ע"י מחברי הספרים [אולי בכוונה לבטא את סודות התורה], ולא ע"י עורך כלשהו. כך או כך, התופעה מקובלת בתנ"ך, ולכן קיימים פירושים רבים מנתחים פסוקי ה"קרי וכתיב", כאשר כל אחת מהצורות מקבלת משמעות אחרת.

נביא דוגמא מספר יקרא, שם יש פסוק שמסביר שאם בעיר מוקפת חומה נמכר בית, למוכר יש זכות לפדות את הבית מהקונה רק למשך שנה אחת: "וְאִם לֹא יִגָּאֵל עַד מְלֹאת לוֹ שָׁנָה תְמִימָה וְקָם הַבַּיִת אֲשֶׁר בָּעִיר אֲשֶׁר לא [לוֹ] חֹמָה לַצְּמִיתֻת לַקֹּנֶה אֹתוֹ לְדֹרֹתָיו לֹא יֵצֵא בַּיֹּבֵל." (ויקרא כה ל). צורת הקרי "אשר לו חומה" נראית יותר מתאימה מבחינה דקדוקית. אך גם לצורת הכתיב "לא" יש משמעות דרשנית: רש"י בעקבות חז"ל מפרש ש"לא" מרמז לתוצאה (כלומר, שהמוכר מאבד את הבית אחרי שנה), כלומר הייתה חומה אבל עכשיו כבר אין.